醫院污水處理所用工藝必須確保處理出水達標，主要采用的三種工藝有：加強處理效果的一級處理、二級處理和簡易生化處理。
工藝選擇原則為：
A、傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。
B、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。
C、處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
D、對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。
1、一級強化處理
對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→一級強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。
醫院污水的一級強化處理一般采用混凝沉淀、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導致二次污染。所以醫院污水中一般采用混凝沉淀工藝。
醫院污水經化糞池進入調節池，調節池前部設置自動格柵，調節池內設提升水泵。污水經提升后進入混凝沉淀池進行混凝沉淀，沉淀池出水進入接觸池進行消毒，接觸池出水達標排放。
調節池、混凝沉淀池、接觸池的污泥及柵渣等污水處理站內產生的垃圾集中消毒外運。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
加強處理效果的一級強化處理適用于處理出水最終進入二級處理城市污水處理廠的綜合醫院。
2、二級處理工藝
二級處理工藝流程為“調節池→生物氧化→接觸消毒”。醫院污水通過化糞池進入調節池。調節池前部設置自動格柵。調節池內設提升水泵，污水經提升后進入好氧池進行生物處理，好氧池出水進入接觸池消毒，出水達標排放。
調節池、生化處理池、接觸池的污泥及柵渣等污水處理站內產生的垃圾集中消毒外運焚燒。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
傳染病醫院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調節池，病人的糞便應先獨立消毒后，通過下水道進入化糞池或單獨處理(如虛線所示)。各構筑物須在密閉的環境中運行，通過統一的通風系統進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統。
好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。
適用于傳染病醫院(包括帶傳染病房的綜合醫院)和排入自然水體的綜合醫院污水處理。
3、簡易生化處理工藝
簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區、厭氧濾池和沉淀過濾區。三區的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質，進一步去除和降解有機污染物，較后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機污染物，保證出水質量。所產生沼氣根據氣量大小作不同的處理，當1m3污泥制取沼氣達15m3以上時，收集利用;當1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。
沼氣凈化池利用厭氧消化原理進行固體有機物降解。沼氣凈化池的處理效率優于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。
作為對于邊遠山區、經濟欠發達地區醫院污水處理的過渡措施，逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。
4、生物處理
生物處理工藝主要有活性污泥法、生物接觸氧化法、膜生物反應器、曝氣生物濾池和簡易生化處理等。
1)、活性污泥法
活性污泥法是以懸浮生長的微生物在好氧條件下對污水中的有機物、氨氮等污染物進行降解的廢水生物處理工藝。
a. 工藝特點
活性污泥工藝的優點是對不同性質的污水適應性強，建設費用較低。
活性污泥工藝的缺點是運行穩定性差，容易發生污泥膨脹和污泥流失，分離效果不夠理想。
b.適用范圍
傳統活性污泥法適用于800床以上水量較大的醫院污水處理工程。對于800床以下、水量較小的醫院常采用活性污泥法的變形工藝——序批式活性污泥法(SBR)。
SBR工藝是活性污泥法的一種變型。SBR按周期循環運行，每個周期循環過程包括進水、反應(曝氣)、沉淀、排放和待機五個工序。SBR單個周期的進水、反應、沉淀、排放和待機都是可以進行控制的。每個過程與特定的反應條件相聯系(混合/靜止，好氧/厭氧)，這些反應條件促進污水物理和化學特性有選擇的改變。
SBR工藝具有流程簡單、管理方便、基建投資省、運行費用較低、處理效果好及設備國產化程度高等優點。
2)、生物接觸氧化工藝
生物接觸氧化工藝采用固定式生物填料作為微生物的載體，生長有微生物的載體淹沒在水中，曝氣系統為反應器中的微生物供氧。由于生物接觸氧化法的微生物固定生長于生物填料上，克服了懸浮活性污泥易于流失的缺點，在反應器中能保持很高的生物量。
a. 工藝特點
(1)生物接觸氧化法對沖擊負荷和水質變化的耐受性強，運行穩定。
(2)生物接觸氧化法容積負荷高，占地面積小，建設費用較低。
(3)生物接觸氧化法污泥產量較低，無需污泥回流，運行管理簡單。
(4)生物接觸氧化法有時脫落一些細碎生物膜，沉淀性能較差的造成出水中的懸浮固體濃度稍高，一般可達到30mg/L左右。
b.適用范圍
生物接觸氧化法適用于500床以下的中小規模醫院污水處理工程。尤其適用于場地面積小、水量小、水質波動較大和污染物濃度較低、活性污泥不易培養等情況，管理方便。
3)、膜-生物反應器
膜-生物反應器(Membrane BioReactor，MBR)是將膜分離技術與生物反應器結合在一起的新型污水處理工藝。根據膜分離組件的設置位置，可分為分置式MBR和一體式MBR兩大類。
a.工藝特點
MBR工藝用膜組件代替了傳統活性污泥工藝中的二沉池，可進行的固液分離，克服了傳統工藝中出水水質不夠穩定、污泥容易膨脹等不足，具有下列優點：
(1) 抗沖擊負荷能力強，出水水質優質穩定，可以完全去除SS，對細菌和病毒也有很好的截留效果。
(2) 實現反應器水力停留時間(HRT)和污泥齡(SRT)的完全分離，使運行控制更加靈活穩定;生物反應器內微生物量濃度高，可高達10g/L以上，處理裝置容積負荷高，占地面積小，減小了硝化所需體積。
(3) 有利于增殖緩慢的微生物的截留和生長，系統硝化效率提高。可延長一些難降解有機物在系統中的水力停留時間，有利于難降解有機物降解效率的提高。
(4) MBR剩余污泥產量低，甚至無剩余污泥排放，降低了污泥處理費用。
b.適用范圍
該工藝適用于300床以下的小規模的醫院污水處理工程，尤其適用于場地面積小、水質要求高和紫外消毒等的情況。
4)、 曝氣生物濾池
曝氣生物濾池(BAF)是生物膜處理工藝的一種。采用一種新型粗糙多孔的粒狀濾料具有很大的比表面積，濾料表面生長有生物膜，池底提供曝氣，污水流過濾床時，污染物首先被過濾和吸附，進而被濾料表面的微生物氧化分解。目前BAF已從單一的工藝逐漸發展成系列綜合工藝，有去除懸浮物、COD、BOD 、硝化、脫氮等作用。
a. 工藝特點
(1) 出水水質好。BAF可去除污水中的懸浮物、COD、細菌和大部分氨氮，出水SS小于10mg/L。
(2) 微生物生長在粗糙多孔的濾料表面，不易流失，對有毒有害物質有一定適應性，運行可靠性高，抗沖擊負荷能力強。無污泥膨脹問題。
(3) BAF容積負荷高于常規處理工藝，并可省去二沉池和污泥回流泵房，占地面積通常為常規工藝的1/3～1/5。
(12) 需進行反沖洗，反沖水量較大，且運行方式復雜，但易于實現自控。
b.適用范圍
該工藝適用于300床以下的小規模醫院污水處理工程，尤其適用于場地面積小和水質要求高等的情況。
5)、 簡易生化處理工藝
a.工藝特點：
沼氣凈化池利用厭氧消化原理進行固體有機物降解。沼氣凈化池的處理效率優于腐化池和沼氣池，造價低，動力消耗低，管理簡單。
b.適用條件
對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。
上述五種工藝的特點、適用范圍與投資水平等匯總于表4中：
表4 不同生物處理工藝的綜合比較
工藝類型 優點 缺點 適用范圍 基建投資
活性污泥法 對不同性質的污水適應性強。 運行穩定性差，易發生污泥膨脹和污泥流失，分離效果不夠理想 800床以上的水量較大的醫院污水處理工程;800床以下醫院采用SBR法 較低
生物接觸氧化工藝 抗沖擊負荷能力高，運行穩定;容積負荷高，占地面積小;污泥產量較低;無需污泥回流，運行管理簡單。 部分脫落生物膜造成出水中的懸浮固體濃度稍高。 500床以下的中小規模醫院污水處理工程。適用于場地小、水量小、水質波動較大和微生物不易培養等情況。 中膜-生物反應器 抗沖擊負荷能力強，出水水質優質穩定，有效去除SS和病原體;占地面積小;剩余污泥產量低甚至無。 氣水比高，膜需進行反洗，能耗及運行費用高。 300床以下小規模醫院污水處理工程;醫院面積小，水質要求高等情況。 高
曝氣生物濾池 出水水質好;運行可靠性高，抗沖擊負荷能力強;無污泥膨脹問題; 容積負荷高且省去二沉池和污泥回流，占地面積小。 需反沖洗，運行方式比較復雜; 反沖水量較大。 300床以下小規模醫院污水處理工程。 較高
簡易生化處理工藝 造價低，動力消耗低，管理簡單。 出水COD、BOD等理化指標不能保證達標。 作為對于邊遠山區、經濟欠發達地區醫院污水處理的過渡措施，逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。
