在乳制品生產中，對于原料的微生物控制已卓有成效，完全能夠達到產品的衛生要求。但在生產設備、環境、工器具和人員等方面的微生物控制尚存在較大的漏洞。在管道和貯罐的消毒上，傳統的熱水或蒸汽消毒既安全又無殘留，但不能殺死所有的微生物，包括耐熱細菌芽孢以及低溫菌的耐熱酶等，這些細菌和酶對產品仍存在一定的侵害。同時，熱水或蒸汽的使用成本也很高。目前，對于生產設備、工器具和人員的消毒，常用的方法是采用氯制劑，其優點是使用方便，成本低。缺點是消毒劑本身有一定的毒性，在消毒過程中還會產生三致(致癌、致畸、致突變)物質，有殘留，有氣味，對設備和工作人員也有一定的損害。當前國內外乳制品行業微生物控制總的發展趨勢是，熱消毒已逐漸被冷消毒所取代，氯制劑逐漸被二氧化氯所取代。
(1)管道系統的殺菌管道的清洗和殺菌是乳制品生產中一個非常重要的環節。管道殺菌目前大都應用CIP系統，即先以酸清除奶垢，用堿中和殘留酸。再用熱水、清水進行管道殺菌。這種殺菌方式的優點是、無殘留，但由于使用成本高，系統散熱導致環境溫度升高，增加了對于環境微生物控制的難度。同時，管道系統包括貯罐需要冷卻降溫，又增加了使用成本。目前，CIP系統已逐漸被一次性使用二氧化氯溶液殺菌所取代。國內知名品牌的乳制品企業都在使用二氧化氯作為清洗殺菌方式。
二氧化氯取代CIP有如下優點：
①殺菌效果好，可以殺死所有的微生物，包括高溫所難以殺死的耐熱微生物和低溫菌的耐熱酶，這是其他消毒殺菌方式所不能代替的。
②使用成本低，僅相當于CIP所消耗的清洗用水的成本，這是可以通過生產實踐證實的。
③消毒液可回收再利用，每配制1次可重復使用1天。
④不會導致操作環境的溫度升高，可以降低對于生產環境微生物的控制難度。
⑤管道系統及其貯罐不需要加冰水冷卻，可以減少生產費用，縮短清洗時間，提高生產效率。
(2)工器具、容器和設備的消毒乳制品加工中工器具、容器和設備的殺菌消毒是很重要的環節。目前大都采用以次氯酸鈉和優氯凈為主進行殺菌消毒。其優點是使用方便，成本低。
缺點是本身有一定的毒性，在消毒過程中還會產生“三致”物質，有殘留、有氣味，對設備有一定的腐蝕作用，對使用人員也有一定的傷害。
用二氧化氯取代氯制劑具有如下優點：
①殺菌效果好，其殺菌效果是氯制劑的5～10倍。
②安全性好，本身，且在消毒過程中不會產生有機氯化物和三氯甲烷等“三致”物質。
③殺菌效果穩定，消毒濃度易控制，且受環境條件如pH、溫度和有機物的影響較小。
④無有害殘留，易沖洗。⑤對設備基本上無腐蝕作用，對皮膚無刺激。
(3)生產環境的空氣、地面和墻壁等的消毒  目前用于生產環境消毒的常用方法是紫外燈或乳酸、過氧乙酸等。紫外燈消毒的優點是方便，缺點是殺菌效果有限，穿透性差。由于紫外線肉眼看不見，會對人體產生傷害，因此在生產過程中紫外燈殺菌只能作為預消毒。二氧化氯消毒劑可采用噴霧或熏蒸等方法應用于環境的消毒。
與紫外線消毒相比較，具有以下優點：
①殺菌效果好，一次除菌率就可達80％以上。
②殺菌時間短，如用噴霧的方法對環境進行消毒，消毒后即可進行生產。
③對人體無傷害。
與乳酸和過氧乙酸相比較，二氧化氯有以下優點：
①殺菌效果好，比乳酸的殺菌效果強2～3倍。
②使用成本低，是乳酸、過氧乙酸等使用成本的25％～50％。
③使用過程中不污染生產環境，也不會腐蝕設備。
④使用方便，不需要加熱。
(4)其他生產環節的殺菌消毒在乳制品生產中，操作人員的手、服裝、織物、運奶車、
靴池等的消毒常用漂白粉、次氯酸鈉、優氯凈等氯制劑，二氧化氯可以明顯地改善氯制劑的不
足：
①殺菌效果好且穩定，其殺菌效果是氯制劑的5～8倍。
②對皮膚無刺激，對衣物及其他織物無腐蝕。
③消毒后無有害殘留，無異味。
3.5.4二氧化氯應用于制作即食腐竹
通常的食用腐竹都是干品，食用時需要一定時間的浸泡，在急用時甚是不便。并且運輸時候容易碎，貯存似乎容易受潮、易蟲蛀、易霉變，給商家和用戶帶來很多不便之處。
李新研究出，選用無蟲蛀、無霉變的優質干腐竹，將其浸入潔凈水與二氧化氯殺菌劑配成的濃度為2×10^-4的溶液中，在密封條件下，常溫浸泡15h左右，進行軟化處理。然后撈出控干，在無菌環境下，用真空包裝機進行分量包裝。包裝前，包裝塑料袋內加入適量濃度為5×10^-5的二氧化氯殺菌劑溶液。這樣制作出的成品在冷藏(0～10℃)條件下，放置兩天即可。這樣制成的即食腐竹在常溫條件下可以貯存45天，在冷藏條件下可達到90天，無蟲蛀、霉變之憂。這種方便易用的即食腐竹，食用前不用浸泡，即開即食，省時便當，而且運輸方便。